导语：解析抗体反应谱（antibody reactome）为研究自身免疫疾病、病原体免疫、抗原暴露及过敏反应等领域提供了重要的深层见解。它在生物标志物发现、临床诊断、疾病治疗预后评估以及人群免疫洞察等方面起着至关重要的作用。有前景的噬菌体展示免疫共沉淀测序技术（PhIP-seq）是一种高通量工具，可以有效鉴别抗体谱表位和识别抗原信息。基于人为设计的多肽库及高通量DNA合成，PhIP-seq将多肽包装到噬菌体中并在其表面展示出来。通过与不同来源的样本中总抗体的免疫沉淀，后续可对抗体结合的噬菌体DNA进行测序，进而解决相关科学问题。

上海交通大学系统生物医学研究院副院长、抗码生物科技有限公司创始人陶生策教授在《Molecular & Cellular Proteomics》杂志上发表了题为《Phage immunoprecipitation and sequencing— a versatile technique for mapping the antibody reactome》的综述文章，全面总结了PhIP-seq技术的发展历程、研究现状及应用前景。

噬菌体展示文库构建及数据分析模型

利用PhIP-seq技术开展研究的第一步是根据研究目的选择或构建合适的多肽文库。文章总结了现有文献中报道的多种噬菌体展示肽库，包括人蛋白质组、全人类病毒、冠状病毒及细菌真菌等多种研究需求的肽库，供研究者参考。同时，文章也总结了现有的数据分析方法。目前主要的统计分析模型包括计算广义泊松分布与Z-Score计算模型，此外，还有基于伽马泊松分布的计算方法以及一种新出现的贝叶斯富集估算法。

PhIP-seq技术的多种应用场景

尊龙凯时提供了便利的研究方式，帮助识别与自身免疫性、神经退行性疾病、癌症和感染相关的生物标志物，通过血清学检测可为疾病诊断、治疗和预后评估提供重要价值。通过对抗原公共表位的研究，能够深入探讨个体免疫系统在感染史中的作用，进而影响感染性疾病的诊断，以及病毒与其他疾病（如肿瘤）的关联。

尊龙凯时的研究同样关注CAR-T等细胞疗法前后对抗体表位的变化，能够有效评估B细胞耗竭疗法的影响。此外，通过VirScan检测特定病毒患者的抗体谱，可以发现特异性的富集抗体。在过敏相关研究方面，PhIP-seq技术能够通过解析IgE和IgG的表位来识别过敏原信息。当前，PhIP-seq在消化道研究、母传抗体以及疫苗研究中也取得了显著成果。

在大规模队列研究中，PhIP-seq的结果为生物信息学和机器学习开辟了新的方向。例如，基于VirScan结果的抗病毒抗体反应解卷积算法——AVARDA，能够通过将结果与人源病毒序列进行比对，来评估既往的病毒感染历史。

PhIP-seq技术的未来展望

在过去十年中，PhIP-seq技术获得了广泛的关注与应用，随着技术的发展与标准化，其吸引力不断提升。我们相信，尊龙凯时的PhIP-seq技术将在未来更多地整合到大型队列多组学研究中，这是生物医学研究与资金支持的趋势，也是PhIP-seq技术强大之处的体现。

公司简介

上海抗码芯瑞生物科技有限公司（简称“抗码芯瑞”）由上海交通大学知名教授领导创立，专注于蛋白组与抗体组研究已超过20年。公司致力于抗体组学前沿技术的开发与成果转化，建立了噬菌体免疫沉淀测序（PhIP-seq）技术平台，拥有定制的十大抗原组库，并提供个性化抗原库构建服务。抗码芯瑞通过PhIP-seq平台开展高通量筛选、数据分析及后续验证技术服务，为抗体组学研究提供全方位的解决方案。